故事从主人公漩涡鸣人的孤儿生活开始，他的父母为了保护村子，将攻击村子九尾妖狐封印到了他体内，鸣人因此受尽了村人的冷落，只是拼命用各种恶作剧试图吸引大家的注意力。好在还是有依鲁卡老师的关心，鸣人的性格才没有变得扭曲，他总是干劲十足、非常乐观。 为了让更多的人认可自己，鸣人的目标是成为火影。整个故事就围绕鸣人的奋斗、成长，鸣人的同伴们的故事，以及这个忍者世界的各种争斗和阴谋展开。
最强的魔王雷欧尼斯为了将来的决战而将自己的灵魂封印了。然而他在1000年后再度醒来时，不知为何却变成了10岁少年的模样！？被隶属于〈圣剑学院〉的美少女黎榭莉亚所保护的雷欧尼斯，在对这个变得截然不同的世界一头雾水的情况下，入学了〈圣剑学院〉。未知的敌人〈Void〉、〈第07战术都市〉、外观观是武器形态却拥有异能之力的〈圣剑〉。在魔法被遗忘的这个未来世界，最强魔王与美少女们交织而成的圣剑与魔剑的学园幻想物语盛大开幕！
中世纪的中国和日本，被各个国家分而治之。天空中，由八艘船组成的城船武藏正在航行……在遥远的未来。经历了“合、合、乱”的国家，实行了与人类命运相关的“圣谱”作为原始历史的再现。然后就是各种各样的人，把迷茫和决心藏在胸口，锐意进取，开拓未来。以重叠的中世纪世界为舞台，学园里的各国学生斗争正式上演！
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