故事从主人公漩涡鸣人的孤儿生活开始，他的父母为了保护村子，将攻击村子九尾妖狐封印到了他体内，鸣人因此受尽了村人的冷落，只是拼命用各种恶作剧试图吸引大家的注意力。好在还是有依鲁卡老师的关心，鸣人的性格才没有变得扭曲，他总是干劲十足、非常乐观。 为了让更多的人认可自己，鸣人的目标是成为火影。整个故事就围绕鸣人的奋斗、成长，鸣人的同伴们的故事，以及这个忍者世界的各种争斗和阴谋展开。
影片片名致敬了小说家吉野源三郎在1937年发表的同名著书，但电影故事完全由宫崎骏原创。讲述二战后丧母的少年牧真人与一只会说话的蓝鹭相遇，展开不可思议的冒险旅程。
世界最强的间谍，世界最高的骗局！阳炎宫·共同生活的规则：七个人共同生活、外出的时候要认真的玩、用一切手段打倒我。各国展开间谍“影之战争”的世界。任务成功率100%，但是性格有困难的精明间谍·克劳斯，创立了挑战死亡率超过九成的“不可能任务”的机关——灯。但是，被选出的成员是没有实践经验的7位少女。毒杀、陷阱、色诱——为了完成任务，少女们唯一留下的手段就是互相欺骗克劳斯，战胜敌人！？
