故事从主人公漩涡鸣人的孤儿生活开始，他的父母为了保护村子，将攻击村子九尾妖狐封印到了他体内，鸣人因此受尽了村人的冷落，只是拼命用各种恶作剧试图吸引大家的注意力。好在还是有依鲁卡老师的关心，鸣人的性格才没有变得扭曲，他总是干劲十足、非常乐观。 为了让更多的人认可自己，鸣人的目标是成为火影。整个故事就围绕鸣人的奋斗、成长，鸣人的同伴们的故事，以及这个忍者世界的各种争斗和阴谋展开。
来自HAPPY星的外星人章鱼哔，目的是在地球散播 HAPPY 。然而出师不利，一来到地球他就差点饿死，此时救了他一命的是平凡的少女小静。然而章鱼哔发现，小静却始终没有笑容。为了让小静找回遗失的笑容，章鱼哔努力奔走，然而小静所处的环境却是远超乎章鱼哔所能想象的严苛，在这样的情况下，章鱼哔究竟犯下了什么样的大罪……？
