故事从主人公漩涡鸣人的孤儿生活开始，他的父母为了保护村子，将攻击村子九尾妖狐封印到了他体内，鸣人因此受尽了村人的冷落，只是拼命用各种恶作剧试图吸引大家的注意力。好在还是有依鲁卡老师的关心，鸣人的性格才没有变得扭曲，他总是干劲十足、非常乐观。 为了让更多的人认可自己，鸣人的目标是成为火影。整个故事就围绕鸣人的奋斗、成长，鸣人的同伴们的故事，以及这个忍者世界的各种争斗和阴谋展开。
近导游悠是住在加贺国金泽市的15岁少年，初中三年级。 游悠有着洞察他人内心的能力，但被人拜托就没法说不的性格令他十分烦恼。 某一天，被要求迎合姐姐们的兴趣的游悠，因为无法继续忍受而冲出了家门。 将那样的游悠救下的便是大仓惠。 惠邀请游悠前往了伙伴们的据点——夜晚的游乐园「ワンダヒル」。 在游乐园集结的惠、石龟座草、濑户冬毬，是会整夜享受先导者的「blackout」的成员。 然后今夜将会举行的是黑视队的队长桃山团治、与被谜团包裹着的强豪斗士江端透也赌上队伍旗帜的动真格的对战。 在游悠的注视下，卡片对战在不知不觉中被想象的世界所吞噬。 游悠就这样与先导者相遇了，他被游戏的魅力和至今从没见过的世界以及伙伴们深深地吸引了——。
本作讲述的是距《圣斗士星矢》本篇所处年代的243年之前，上一代圣战的故事。出场人物有本篇登场的黄金圣斗士童虎和史昂、这个时代的天马座圣斗士·天马、天马的挚友·被哈迪斯选中为转生体的亚伦、雅典娜的转生·萨莎（ND里未登场） 等，故事以他们为中心而展开。
