故事从主人公漩涡鸣人的孤儿生活开始，他的父母为了保护村子，将攻击村子九尾妖狐封印到了他体内，鸣人因此受尽了村人的冷落，只是拼命用各种恶作剧试图吸引大家的注意力。好在还是有依鲁卡老师的关心，鸣人的性格才没有变得扭曲，他总是干劲十足、非常乐观。 为了让更多的人认可自己，鸣人的目标是成为火影。整个故事就围绕鸣人的奋斗、成长，鸣人的同伴们的故事，以及这个忍者世界的各种争斗和阴谋展开。
幼年丧母的高中男生・藤井夏生，默默暗恋着高中老师・橘阳菜。无法实现的思念涌入心中，突然被邀请参加联谊的夏生，与在那里遇到的橘瑠衣一起进行了首次体验。这时，父亲打算再婚。作为父亲再婚对象出现在夏生面前的，是阳菜和瑠衣……在同一屋檐下生活的3个人，形成了禁断的三角关系。
