故事从主人公漩涡鸣人的孤儿生活开始，他的父母为了保护村子，将攻击村子九尾妖狐封印到了他体内，鸣人因此受尽了村人的冷落，只是拼命用各种恶作剧试图吸引大家的注意力。好在还是有依鲁卡老师的关心，鸣人的性格才没有变得扭曲，他总是干劲十足、非常乐观。 为了让更多的人认可自己，鸣人的目标是成为火影。整个故事就围绕鸣人的奋斗、成长，鸣人的同伴们的故事，以及这个忍者世界的各种争斗和阴谋展开。
在艾伦他们居住的帕拉迪岛之外，还存在一个其他人类居住的世界。当中一个国家「玛雷」与其他各国爆发战争。陷入苦战之际，他们决定要攻进帕拉迪岛，把「始祖的巨人」抢过来。在这里又看到另一群孩子们拼命求生存的身影……。
两个美貌且彷佛不食人间烟火的少女，相偕在夜里去湖边欣赏月光，其中一名少女却意外落车而身受重伤。无意间搭同一班车下班的刑警木场修在强忍疲惫下接手处理案件，却意外发现身受重伤少女的亲人，是他暗恋了许多年的女演员。木场一面强自按捺内心情感浮动，一面却也深陷难缠案件。身受重伤的少女在送到一栋盒状的建筑物后，在众目睽睽之下居然凭空消失了…… 作家关口偶尔为之取材写作的三流杂志《月刊实录犯罪》，正在追查相模湖发生的分尸杀人案，编辑鸟口和关口联袂前往现场追查，却在路途中迷路而误入一栋奇怪的盒状建筑物…… 在病床上消失的少女、相模湖分尸杀人案、追查案件的木场和关口、盒子般奇怪的建筑物，到底是什么将他们联系在一起？魍魉，真的只存在人心吗？
