故事从主人公漩涡鸣人的孤儿生活开始，他的父母为了保护村子，将攻击村子九尾妖狐封印到了他体内，鸣人因此受尽了村人的冷落，只是拼命用各种恶作剧试图吸引大家的注意力。好在还是有依鲁卡老师的关心，鸣人的性格才没有变得扭曲，他总是干劲十足、非常乐观。 为了让更多的人认可自己，鸣人的目标是成为火影。整个故事就围绕鸣人的奋斗、成长，鸣人的同伴们的故事，以及这个忍者世界的各种争斗和阴谋展开。
莲洁村里住着三位小伙伴，分别是爱冲动的莲娃、善思考的洁娃以及热情的艾儿，洁娃最近有了新发明——时光机，由于系统尚未稳定，洁娃拒绝了莲娃和艾儿想尝试的心愿。一次阴差阳错三人都被时光机吸了进去，小伙伴们的辉煌旅程就此开始了。
