故事从主人公漩涡鸣人的孤儿生活开始，他的父母为了保护村子，将攻击村子九尾妖狐封印到了他体内，鸣人因此受尽了村人的冷落，只是拼命用各种恶作剧试图吸引大家的注意力。好在还是有依鲁卡老师的关心，鸣人的性格才没有变得扭曲，他总是干劲十足、非常乐观。 为了让更多的人认可自己，鸣人的目标是成为火影。整个故事就围绕鸣人的奋斗、成长，鸣人的同伴们的故事，以及这个忍者世界的各种争斗和阴谋展开。
有一个少年「鹿田九」梦想成为位于日本超偏远地区的某家粗点心（古早味零食一类）店铺的漫画家，却被父亲「鹿田洋」以半强迫的方式要求继承店铺管理权。这时，一位漂亮的小姐「枝垂莹」突然出现，并透露了洋身是业内名人的事实。以此为契机，围绕这家小店的一系列点心喜剧开始了！
出生在偏远村落的希尔·菲尼克斯为了完成对母亲临终前的承诺，带上家族遗物龙骨水晶踏上了去往失落的国度寻找身世的旅程。来到蛇骨之国的希尔，误入了四大家之一的赤骨家大宅，被蛇骨之国通缉，与赤骨家继承人光子经历一连串的事件后，从敌对成为朋友，揭开了埋藏在赤骨家几十年的秘密，四大家及魔法部进行人体实验制造出“人造天赋者”来解决家族天赋者血统日渐稀薄的问题，从而巩固人类及四大家族在大陆的统治地位。希尔觉醒了自己领悟到魔法的真谛，像曾经的五大“贤者”一般，打破魔法的宿命，彻底消灭了灭世黑龙，同时断绝世界上所有的魔法，还全大陆生灵一个真正和平的世界。
