故事从主人公漩涡鸣人的孤儿生活开始，他的父母为了保护村子，将攻击村子九尾妖狐封印到了他体内，鸣人因此受尽了村人的冷落，只是拼命用各种恶作剧试图吸引大家的注意力。好在还是有依鲁卡老师的关心，鸣人的性格才没有变得扭曲，他总是干劲十足、非常乐观。 为了让更多的人认可自己，鸣人的目标是成为火影。整个故事就围绕鸣人的奋斗、成长，鸣人的同伴们的故事，以及这个忍者世界的各种争斗和阴谋展开。
有一天，最强魔法使公主锁部叶风 be 部下左门遭到暗算，被困在一个无人居住的荒岛上；又有一天，一个年轻的女孩被突然杀害，但时间在囚犯被捕之前就过去了。然后在某一天，围绕复仇和魔法，超越时空的战斗正式拉开序幕！
正气与狂妄，理性与知性，自信与确信。
在悲惨而不可理喻的世界里，少女的命运交织在一起，故事就这样开始了！
