故事从主人公漩涡鸣人的孤儿生活开始，他的父母为了保护村子，将攻击村子九尾妖狐封印到了他体内，鸣人因此受尽了村人的冷落，只是拼命用各种恶作剧试图吸引大家的注意力。好在还是有依鲁卡老师的关心，鸣人的性格才没有变得扭曲，他总是干劲十足、非常乐观。 为了让更多的人认可自己，鸣人的目标是成为火影。整个故事就围绕鸣人的奋斗、成长，鸣人的同伴们的故事，以及这个忍者世界的各种争斗和阴谋展开。
三只松鼠来到城镇中和少年张果果成为了好朋友，并利用从松鼠世界带来的松鼠手环让张果果成为了超级英雄。一次爆炸，让松鼠手环变成了无数碎片，因为手环碎片的力量，让这个城镇充斥着各种神奇的人物和地点，例如：有着化身为风的超能力者，有着快如闪电的狗，有着可以让周围时间倒流的钟楼等等。张果果和松鼠们与想要获得手环碎片的安老板对抗的同时，还在不停的探索，收集手环碎片。张果果和松鼠们在一次次战斗中也越来越强大。
