故事从主人公漩涡鸣人的孤儿生活开始，他的父母为了保护村子，将攻击村子九尾妖狐封印到了他体内，鸣人因此受尽了村人的冷落，只是拼命用各种恶作剧试图吸引大家的注意力。好在还是有依鲁卡老师的关心，鸣人的性格才没有变得扭曲，他总是干劲十足、非常乐观。 为了让更多的人认可自己，鸣人的目标是成为火影。整个故事就围绕鸣人的奋斗、成长，鸣人的同伴们的故事，以及这个忍者世界的各种争斗和阴谋展开。
故事围绕着两只在1961年的苏联时于监狱服刑的兔子普京和基廉列克。第一季关于在监狱中发生的故事，在普京刑期满的前一天，基廉列克因在杂志里发现限量版帆布鞋即将发售而决定逃狱，普京也莫名其妙地跟上去。
