故事从主人公漩涡鸣人的孤儿生活开始，他的父母为了保护村子，将攻击村子九尾妖狐封印到了他体内，鸣人因此受尽了村人的冷落，只是拼命用各种恶作剧试图吸引大家的注意力。好在还是有依鲁卡老师的关心，鸣人的性格才没有变得扭曲，他总是干劲十足、非常乐观。 为了让更多的人认可自己，鸣人的目标是成为火影。整个故事就围绕鸣人的奋斗、成长，鸣人的同伴们的故事，以及这个忍者世界的各种争斗和阴谋展开。
小夫的炫耀一如既往让大雄气愤不已，为了帮大雄实现潜水的心愿，哆啦A梦将整个城市变成了虚拟海洋，并利用道具引来了海洋中的生物。一个美人鱼来到了城市里，却阴差阳错被困了下来。她名叫苏菲亚，是人鱼一族的公主。据说，人鱼族在五千年前生活在另一颗星球，爱好和平的他们因受到另一族的侵略而来至地球避难，从此在这里扎根。大雄、静香他们很快和苏菲亚成为好朋友，并答应帮她寻找人鱼族传说的宝物“人鱼之剑”。正当小伙伴们在深海中尽情玩耍之时，危险不期而至。当初侵略了人鱼族家乡的外星恶魔也来到地球寻找人鱼之剑，小伙伴们即将展开新的冒险…… 本片为哆啦A梦剧场版开播30周年纪念作品。
作品背景以1000年后的未来世界为背景。 它讲述了1000年后，日本的儿童不断消失，只有想象中的恐怖动物与人类战斗到死。 反乌托邦的未来超级社会“新世界”是一个人类可以通过念诵咒语来移动具有“魔力”的物体，并与与普通人具有相同智力的生物“怪物鼠”共存的世界。 乍看之下，一切似乎都很平静，但“新世界”孩子们的行动却被完全控制和克制，不恰当的记忆被抹去，被认为有问题的孩子被当作劣质产品单独对待。 主人公再继因为一些违反规则的小事莫名失去了许多朋友，卷入了人妖之间的战争。 除了令人毛骨悚然的故事情节，本作还对未来社会自然环境不断遭到破坏所引发的一系列问题进行了探讨和推测，并因此获得了2008年日本科幻大奖。
