故事从主人公漩涡鸣人的孤儿生活开始，他的父母为了保护村子，将攻击村子九尾妖狐封印到了他体内，鸣人因此受尽了村人的冷落，只是拼命用各种恶作剧试图吸引大家的注意力。好在还是有依鲁卡老师的关心，鸣人的性格才没有变得扭曲，他总是干劲十足、非常乐观。 为了让更多的人认可自己，鸣人的目标是成为火影。整个故事就围绕鸣人的奋斗、成长，鸣人的同伴们的故事，以及这个忍者世界的各种争斗和阴谋展开。
新学年开始，樱丘高中轻音部（轻音乐社）因原有部员全部毕业离校而无法达到部员最低人数（至少4人）。轻音部新成员只有秋山澪和田井中律，这下该如何是好呢？此时，平泽唯在阴差阳错的情况下把“轻音”当作“轻松的音乐”，又因小时候玩响板得到老师表扬，所以萌发申请入部的想法。另一方面，温柔可爱的千金大小姐琴吹䌷被田井中律强拉入社，于是，便有了贝司手秋山澪、吉他手平泽唯、鼓手田井中律及键盘手琴吹䌷。
故事发生在一个架空的世界之中，这里被分为五个部分，人类所居住的地球、诸神的红色世界、理性与科学统治的白色世界、充满了魔法的黑色世界以及崇尚武力和战争的绿色世界。长久以来，五个世界相互制约抗衡，形成了微妙的平衡，然而一场意外的发生让这五个世界都将面临着同一个结局——毁灭。 为了避免这恐怖的未来图景成为现实，拥有“Excceed能力”的少女们挺身而出，她们被送往名为青兰学院的学校之中，在这里接受训练和保护。率真耿直的彩城天音（田村由加莉 配音）、沉默寡言的苍月纱夜（寿美菜子 配音）、优雅高贵的阿尔玛利亚（原由实 配音），在校园里，这些命运相似的少女们相遇了。
有一天，最强魔法使公主锁部叶风 be 部下左门遭到暗算，被困在一个无人居住的荒岛上；又有一天，一个年轻的女孩被突然杀害，但时间在囚犯被捕之前就过去了。然后在某一天，围绕复仇和魔法，超越时空的战斗正式拉开序幕！
正气与狂妄，理性与知性，自信与确信。
在悲惨而不可理喻的世界里，少女的命运交织在一起，故事就这样开始了！
废材？丑女？不存在的，当所有人投以不屑与嘲讽的目光时，谁能料到，一个病恹恹的文弱少女的身体里，竟然装着一颗绝世仙尊的灵魂，胎记一除，瞬间甩什么天下第一美女一百多条街！ 神器一开，别人花三四十年修炼才能达到的级别，一个时辰搞定！别人求一颗而不得的丹药，身边有个药魔自愿为她一炼一大把！白莲花心心念念的天下第一冰山男神，不好意思，已经对她一见钟情了！
古代搞笑版复仇者联盟，大凉都城风水奇异，每年都会有几个千年后的现代人穿越来，于是便爆发了穿越者与原住民的爱恨情仇。
