故事从主人公漩涡鸣人的孤儿生活开始，他的父母为了保护村子，将攻击村子九尾妖狐封印到了他体内，鸣人因此受尽了村人的冷落，只是拼命用各种恶作剧试图吸引大家的注意力。好在还是有依鲁卡老师的关心，鸣人的性格才没有变得扭曲，他总是干劲十足、非常乐观。 为了让更多的人认可自己，鸣人的目标是成为火影。整个故事就围绕鸣人的奋斗、成长，鸣人的同伴们的故事，以及这个忍者世界的各种争斗和阴谋展开。
故事发生在一个名为魔仙堡的魔法世界之中，在这里，魔仙们运用她们所学习到的魔法知识来帮助遇到困难的人们。然而，在这里还是存在着一部分邪恶的魔仙们，她们利用黑魔法来获取利益，破坏世界和平。黑魔仙小月从魔仙小蓝那里偷得了魔仙彩石，这是魔仙们力量的源泉，拥有了魔仙彩石，便可以学习仙界的最高魔法。 带着魔仙彩石，小月躲藏于人类世界之中，为了不让魔仙彩石的力量危害人间，小蓝紧随其后。人类少女凌美琪和凌美雪意外的发现了躲藏在八音盒中的小蓝，三人之间结下了深厚的友谊。小蓝教会了美琪和美雪魔法，两人亦加入了寻找魔仙彩石的队伍中。
