故事从主人公漩涡鸣人的孤儿生活开始，他的父母为了保护村子，将攻击村子九尾妖狐封印到了他体内，鸣人因此受尽了村人的冷落，只是拼命用各种恶作剧试图吸引大家的注意力。好在还是有依鲁卡老师的关心，鸣人的性格才没有变得扭曲，他总是干劲十足、非常乐观。 为了让更多的人认可自己，鸣人的目标是成为火影。整个故事就围绕鸣人的奋斗、成长，鸣人的同伴们的故事，以及这个忍者世界的各种争斗和阴谋展开。
重视合理、喜欢单独行动的中学3年生四谷友助，某天穿越到了游戏风格的异世界——他与同样穿越到异世界的同班同学新堂衣宇、箱崎红末一起行动，作为第3名玩家，开始挑战赌上性命的游戏任务。四谷舍弃感情论，对所有要素一视同仁，有时甚至将同伴的性命当作棋子来使用。这样的他能否从袭来的魔物、棘手的事件以及暗中活跃的强敌手中避免队伍全灭，并成功通关这个游戏呢？
悠长的历史之中,人类曾一度因被巨人捕食而崩溃。幸存下来的人们建造了一面巨大的墙壁,防止了巨人的入侵。不过,作为“和平”的代价,人类失去了到墙壁的外面去这一“自由”如同被圈养的畜生一般安稳的生活着，只有主人公艾伦·耶格尔对还没见过的外面的世界抱有兴趣。在他正做着到墙壁的外面去这个梦的时候,出现了一个比墙还要高的巨人！！
