故事从主人公漩涡鸣人的孤儿生活开始，他的父母为了保护村子，将攻击村子九尾妖狐封印到了他体内，鸣人因此受尽了村人的冷落，只是拼命用各种恶作剧试图吸引大家的注意力。好在还是有依鲁卡老师的关心，鸣人的性格才没有变得扭曲，他总是干劲十足、非常乐观。 为了让更多的人认可自己，鸣人的目标是成为火影。整个故事就围绕鸣人的奋斗、成长，鸣人的同伴们的故事，以及这个忍者世界的各种争斗和阴谋展开。
曾从日本来访，给世界带来巨大灾害的“迷途之人”。因为他们过去带来了毁灭世界的灾难，所以被视为“禁忌指定”，有必要暗中处刑。以处刑“迷途之人”为业的“处刑人”梅诺，有一天遇到了日本少女灯里。梅诺像往常一样打算完成任务，但因为灯里的“某种能力”而以失败告终。为了确实地处刑灯里，梅诺带着她，向着能够消灭任何异世界人的仪式场地的大教堂进发。看着对这场自己即将被杀的旅行一无所知，而单纯地享受着的灯里的样子，梅诺心中有什么地方开始改变了。——这是，她为了杀她的故事。
