故事从主人公漩涡鸣人的孤儿生活开始，他的父母为了保护村子，将攻击村子九尾妖狐封印到了他体内，鸣人因此受尽了村人的冷落，只是拼命用各种恶作剧试图吸引大家的注意力。好在还是有依鲁卡老师的关心，鸣人的性格才没有变得扭曲，他总是干劲十足、非常乐观。 为了让更多的人认可自己，鸣人的目标是成为火影。整个故事就围绕鸣人的奋斗、成长，鸣人的同伴们的故事，以及这个忍者世界的各种争斗和阴谋展开。
南波刑务所——位于海上孤岛的难攻不落巨大刑务所。 没有任何人能从被强悍的看守以及世界最高水准的安保所守卫的这所刑务所当中越狱……应该是这样！？ 带着神秘枷锁的天才越狱囚犯·Jugo（囚犯编号15号） 喜欢女人的赌徒·Uno（囚犯编号11号） 爱打架的美食家·Rock（囚犯编号69号） 身患宿疾的阿宅·Nico（囚犯编号25号） 集中在13舍13房的，有些奇怪的4名囚犯。 为了阻止他们越狱，每天急速冲刺的最强看守双六一！！ 个性丰富的囚犯、看守们的最高纯粹笨蛋物语，在此刑务所开幕！！
