故事从主人公漩涡鸣人的孤儿生活开始，他的父母为了保护村子，将攻击村子九尾妖狐封印到了他体内，鸣人因此受尽了村人的冷落，只是拼命用各种恶作剧试图吸引大家的注意力。好在还是有依鲁卡老师的关心，鸣人的性格才没有变得扭曲，他总是干劲十足、非常乐观。 为了让更多的人认可自己，鸣人的目标是成为火影。整个故事就围绕鸣人的奋斗、成长，鸣人的同伴们的故事，以及这个忍者世界的各种争斗和阴谋展开。
从小时候起一直青梅竹马的6人，却在升上高中之后彼此有了距离。不太与人们接触的主角宿海仁太、有点被小太妹熏染的安城鸣子、进入重点高中的松雪集与鹤见知利子、放弃读高中而展开旅行的久川铁道、只有幼年死去的本间芽衣子（灵魂，只有仁太能看见）还是一如从前。有一天，芽衣子对仁太说：“帮我实现一个愿望吧”。仁太虽然有点为难，却还是答应帮助面码实现愿望。以此为契机，为了实现芽衣子的愿望，分散在各处的大家又再次地聚集在一起。
