故事从主人公漩涡鸣人的孤儿生活开始，他的父母为了保护村子，将攻击村子九尾妖狐封印到了他体内，鸣人因此受尽了村人的冷落，只是拼命用各种恶作剧试图吸引大家的注意力。好在还是有依鲁卡老师的关心，鸣人的性格才没有变得扭曲，他总是干劲十足、非常乐观。 为了让更多的人认可自己，鸣人的目标是成为火影。整个故事就围绕鸣人的奋斗、成长，鸣人的同伴们的故事，以及这个忍者世界的各种争斗和阴谋展开。
故事舞台设定在全住宿制女子高中的一个班级——10年黑组之中，这个班级里的学生都是由暗杀者构成的，她们全都瞄准了她们的同学一之濑晴的性命。即使她的性命被众多人觊觎，一之濑晴依然发誓一定会活着毕业。另一方面，同样也是准备夺取一之濑晴的性命的暗杀者转校生东兔角却在一次次接近晴时，渐渐的被晴所吸引。在同学们对晴展开攻击之时，兔角则以保护者的姿态与她们开始了战斗。
