故事从主人公漩涡鸣人的孤儿生活开始，他的父母为了保护村子，将攻击村子九尾妖狐封印到了他体内，鸣人因此受尽了村人的冷落，只是拼命用各种恶作剧试图吸引大家的注意力。好在还是有依鲁卡老师的关心，鸣人的性格才没有变得扭曲，他总是干劲十足、非常乐观。 为了让更多的人认可自己，鸣人的目标是成为火影。整个故事就围绕鸣人的奋斗、成长，鸣人的同伴们的故事，以及这个忍者世界的各种争斗和阴谋展开。
少年战斗着——「为寻求正确的死亡」辛酸·后悔·耻辱人类产生的负面情感，化为诅咒，潜入日常生活诅咒是蔓延于世界的祸源，最糟糕的情况下，会让人类踏入死亡，并且诅咒只能以诅咒拔除。虎杖悠仁是一位体育万能的高中生，某天他为了从“咒物”危机中解救学姐，而吞下了被诅咒的手指“两面宿傩之指”，让“宿傩”这种诅咒跟自己合而为一。在最强咒术师五条悟的指引下，进入对诅咒专门机关「东京都立咒术高等专门学校」，并遇到了伏黑惠与钉崎野蔷薇这两位同学。某日，突然出现“特级咒物”，他们三人就奉命到现场支援。为了实现爷爷要他“助人”的遗言，虎杖将会继续与“诅咒”奋斗下去。为了祓除诅咒而成为诅咒的少年，无法回头的壮阔故事开始了——
