故事从主人公漩涡鸣人的孤儿生活开始，他的父母为了保护村子，将攻击村子九尾妖狐封印到了他体内，鸣人因此受尽了村人的冷落，只是拼命用各种恶作剧试图吸引大家的注意力。好在还是有依鲁卡老师的关心，鸣人的性格才没有变得扭曲，他总是干劲十足、非常乐观。 为了让更多的人认可自己，鸣人的目标是成为火影。整个故事就围绕鸣人的奋斗、成长，鸣人的同伴们的故事，以及这个忍者世界的各种争斗和阴谋展开。
高中生齐木楠雄是超能力者。心灵感应、念动力、透视、预知、瞬间移动、千里眼等，不论任何事情都自由自在。但这任谁都羡慕不已的最强能力，实际上对于本人而言是引来灾难的不幸元凶。因此，他在别人面前封印了超能力，以不起眼、不和他人有所牵扯为信条，默默无闻地过日子。但不知为何，他的身边总是聚集着不可思议的人类（生物），风暴般的灾难接连不断地降临！
在世界局势相对稳定的20世纪，各主要国家都想加强军事力量，称霸世界。而耳语者【whisperd】，一个特殊的人类，从出生起就有特殊的能力，不用学习就能知道超越当时科技几十年的被称为黑科技的高科技手段。为了保护世界格局的稳定，神秘组织秘银[ Myslil]派出上士项梁等三人保护一个已知的耳语者[Whisper]，即千鸟香奈。其中上士向亮假扮转校生随时跟随保护。因为长期在部队生活，没有普通高中生常识的上士向亮在学校闹出不少笑话。上学期间发生了很多恐怖的事情，比如苏联制造的劫持金奈事件。宗和千鸟也因为各种事件产生了特殊的感情。
