故事从主人公漩涡鸣人的孤儿生活开始，他的父母为了保护村子，将攻击村子九尾妖狐封印到了他体内，鸣人因此受尽了村人的冷落，只是拼命用各种恶作剧试图吸引大家的注意力。好在还是有依鲁卡老师的关心，鸣人的性格才没有变得扭曲，他总是干劲十足、非常乐观。 为了让更多的人认可自己，鸣人的目标是成为火影。整个故事就围绕鸣人的奋斗、成长，鸣人的同伴们的故事，以及这个忍者世界的各种争斗和阴谋展开。
——自由、是多么美丽、而又多么残酷啊。 成功从Grace=Field House逃出的15个孩子。 等待在抛弃虚伪的乐园而勇敢追求自由的他们的面前是、未曾见过的动植物、 以及一路追赶而来的「鬼」……外面的世界是如此美丽，却也如此残酷。 但是孩子们并没有放弃。 「密涅瓦」的讯息、诺曼留下的一支笔 根据这些引导，奔向明天。 去迎接留在House的「家人」，为了完成那个约定。
