故事从主人公漩涡鸣人的孤儿生活开始，他的父母为了保护村子，将攻击村子九尾妖狐封印到了他体内，鸣人因此受尽了村人的冷落，只是拼命用各种恶作剧试图吸引大家的注意力。好在还是有依鲁卡老师的关心，鸣人的性格才没有变得扭曲，他总是干劲十足、非常乐观。 为了让更多的人认可自己，鸣人的目标是成为火影。整个故事就围绕鸣人的奋斗、成长，鸣人的同伴们的故事，以及这个忍者世界的各种争斗和阴谋展开。
故事开始之初，自恐龙时代就一直沉睡在地球深处的穴居人皮克尔在现代突然复活。皮克尔徒手杀死了比自己大很多倍的恐龙，并以之为食，现在成为了一名拥有超凡战斗能力的战士。刃牙能否战胜皮克尔，并与他的父亲范马勇次郎进行最终决战？
在世界上最好的侦探训练学校BLUE，曾经有一位天才，他以非凡的才华被视为对未来充满希望。 自BLUE开业以来一直被低声说是天才的Ron Kamonohashi被BLUE开除并被禁止成为“侦探”，原因是在学校发生事件后作为侦探的致命“缺陷”。 五年后。 过着失望和无聊的日子的罗恩被警视厅调查课的侦探一色敏丸拜访，要求在连环杀人案中合作，罗恩已经停止的时间又开始移动。 知道罗恩的苦恼，“纯手”一色敏丸好心地提供支持。 罗恩称他为“托托”，当他感觉到一起调查的无限可能性时，他指定托托为他的搭档。 罗恩解开了谜团，托托开始调查。 略显参差不齐的侦探二人组出色地破获了一起神秘案件......！
