故事从主人公漩涡鸣人的孤儿生活开始，他的父母为了保护村子，将攻击村子九尾妖狐封印到了他体内，鸣人因此受尽了村人的冷落，只是拼命用各种恶作剧试图吸引大家的注意力。好在还是有依鲁卡老师的关心，鸣人的性格才没有变得扭曲，他总是干劲十足、非常乐观。 为了让更多的人认可自己，鸣人的目标是成为火影。整个故事就围绕鸣人的奋斗、成长，鸣人的同伴们的故事，以及这个忍者世界的各种争斗和阴谋展开。
上古神兽貔貅皮皮来到了人间，为了躲避人类追捕，逃到了好友四不像开的专门帮助神兽的鹿人店，并结识了一群来自四面八方，性格各异的神兽，开始了远离人烟，轻松惬意的日常。
雨之国的公主妮可，拥有一种特殊的能力-控制降雨，性格好胜。她在输掉和姐姐的剪刀石头布后被迫嫁给了晴之国Livius。Livius在三年内征服了世界，被世人称为恐怖之王。然而，当妮可第一次遇见Liveius时惊奇的发现，Livius是一位比自己还小的少年。妮可和Livius从最开始的形式上的夫妻，共同走到最后心灵相通。
