故事从主人公漩涡鸣人的孤儿生活开始，他的父母为了保护村子，将攻击村子九尾妖狐封印到了他体内，鸣人因此受尽了村人的冷落，只是拼命用各种恶作剧试图吸引大家的注意力。好在还是有依鲁卡老师的关心，鸣人的性格才没有变得扭曲，他总是干劲十足、非常乐观。 为了让更多的人认可自己，鸣人的目标是成为火影。整个故事就围绕鸣人的奋斗、成长，鸣人的同伴们的故事，以及这个忍者世界的各种争斗和阴谋展开。
在上一季的结尾，钢铁侠被留在了另个次元，这一次在没有钢铁侠的情况下，复仇者团队将会面临新的挑战，新的全新全异复仇者能否担负起拯救队员的责任呢？黑豹，幻世，惊奇队长，卡玛拉，蚁人，黄蜂女新组成的队伍能否担负起重任？
