故事从主人公漩涡鸣人的孤儿生活开始，他的父母为了保护村子，将攻击村子九尾妖狐封印到了他体内，鸣人因此受尽了村人的冷落，只是拼命用各种恶作剧试图吸引大家的注意力。好在还是有依鲁卡老师的关心，鸣人的性格才没有变得扭曲，他总是干劲十足、非常乐观。 为了让更多的人认可自己，鸣人的目标是成为火影。整个故事就围绕鸣人的奋斗、成长，鸣人的同伴们的故事，以及这个忍者世界的各种争斗和阴谋展开。
在每个角落都被探索过的世界里，唯一剩下的谜团就是大洞穴“深渊”。 不知继续往何处去，那无底的巨大垂直洞穴，栖息着各种奇妙奇异的生物，沉睡着今日人类无法制造的珍贵遗迹。 “深渊”充满了令人难以置信的姿态，吸引人们并驱使他们冒险。 就这样，多次挑战大洞穴的冒险者们相继获得了“洞穴探险家”的称号。
Rico，一个住在深渊边缘的小镇“Os”的孤儿，梦想有一天能像她的母亲一样成为伟大的探险家，解开深渊之谜。 就这样有一天，在探索深渊的时候，理科捡到了一个男孩模样的机器人……？
