故事从主人公漩涡鸣人的孤儿生活开始，他的父母为了保护村子，将攻击村子九尾妖狐封印到了他体内，鸣人因此受尽了村人的冷落，只是拼命用各种恶作剧试图吸引大家的注意力。好在还是有依鲁卡老师的关心，鸣人的性格才没有变得扭曲，他总是干劲十足、非常乐观。 为了让更多的人认可自己，鸣人的目标是成为火影。整个故事就围绕鸣人的奋斗、成长，鸣人的同伴们的故事，以及这个忍者世界的各种争斗和阴谋展开。
以前的人们生活在海中的世界，能够在大海中呼吸并且生活。然而不久之后憧憬陆地的人们抛弃了大海，舍弃了海神所赐予的羽衣。人类逐渐分成在海中生活的人类以及在陆上生活的人类，原本同样相互交流的人们，随着时间流逝，想法也不相同了。在海中生活的四名少年少女——先岛光、向井户爱花、比良平千咲、伊佐木要。他们因海村汐鹿生的波路中学被废校而转学到陆地上的美滨中学，并在那里遇到了在陆地上出生的少年——木原纺，他们由此相会。
