故事从主人公漩涡鸣人的孤儿生活开始，他的父母为了保护村子，将攻击村子九尾妖狐封印到了他体内，鸣人因此受尽了村人的冷落，只是拼命用各种恶作剧试图吸引大家的注意力。好在还是有依鲁卡老师的关心，鸣人的性格才没有变得扭曲，他总是干劲十足、非常乐观。 为了让更多的人认可自己，鸣人的目标是成为火影。整个故事就围绕鸣人的奋斗、成长，鸣人的同伴们的故事，以及这个忍者世界的各种争斗和阴谋展开。
背景是大多数城市，某个国家/地区的城市。在一栋老楼的二楼，有一家小出版社，出版《月刊妄想科学》。《月刊妄想科学》是一个离奇的“莫~惊讶”的案例，甚至连科学家都“莫~不可能！ 它是一本科学期刊，撰写有关过度科学现象的文章。唯一的工作人员是美丽的主编和编辑铃木太郎。除此之外，只有小学生田中次郎和他的狗三郎的助手。编辑部总是空无一人，太郎、次郎和三郎沉浸在同一栋楼一楼的咖啡馆“Rock”里。有一天，一位名叫佐藤五郎的科学家来访寻求建议，一个离奇的故事开始了......
故事描述了地球突然出现总称为“龙”的怪物，从此世界为之一变，终于人类之中也诞生拥有龙之力，并称之为“D”的异能少女们。某一天，世界唯一的男性“D”物部悠，带著一张调职令，来到聚集了全世界的“D”的学园米德加尔。在那里，他目睹了银发少女伊莉丝·弗蕾亚的裸体，又与三年前分离的妹妹物部深月再会，就此展开了全新的学生生活
