故事从主人公漩涡鸣人的孤儿生活开始，他的父母为了保护村子，将攻击村子九尾妖狐封印到了他体内，鸣人因此受尽了村人的冷落，只是拼命用各种恶作剧试图吸引大家的注意力。好在还是有依鲁卡老师的关心，鸣人的性格才没有变得扭曲，他总是干劲十足、非常乐观。 为了让更多的人认可自己，鸣人的目标是成为火影。整个故事就围绕鸣人的奋斗、成长，鸣人的同伴们的故事，以及这个忍者世界的各种争斗和阴谋展开。
在德川幕府末期的动荡时期，有一个被人称为“人类斩刀”的士师。 随着新时代的到来，这个人从人民面前消失了，成为了一个被称为“最强者”的传奇人物。时光荏苒——明治11年的东京市中心。 将倒剑放到腰间并发誓不朽的旅行剑客日村剑心遇到了神谷胜心流的大师神谷薰。 剑心在解决了欺骗胜心流的辻砍“冢斋人”的案件后来到薰身边。 他遇到了来自东京都石狮部落的明神弥彦和自称是格斗家的相乐赛之助等朋友，并面对由于他过去的关系而将战斗的克星。 新时代辛勤生活的人们的明治剑客串浪漫在这里开启！
《推理之绊》（日语：スパイラル～推理の絆～）又名《少年侦探》，英文名《SPIRAL》，原是日本的漫画，后来推出电视动画以及小说,drama CD,画集等衍生作品。由于动画版结束时漫画还未连载完毕，所以动画版以原创故事收尾。其前传漫画《推理之绊 - 螺旋重现》(スパイラル・アライヴ)亦已连载完毕，为整个系列画下了休止符。
