故事从主人公漩涡鸣人的孤儿生活开始，他的父母为了保护村子，将攻击村子九尾妖狐封印到了他体内，鸣人因此受尽了村人的冷落，只是拼命用各种恶作剧试图吸引大家的注意力。好在还是有依鲁卡老师的关心，鸣人的性格才没有变得扭曲，他总是干劲十足、非常乐观。 为了让更多的人认可自己，鸣人的目标是成为火影。整个故事就围绕鸣人的奋斗、成长，鸣人的同伴们的故事，以及这个忍者世界的各种争斗和阴谋展开。
因为父母出国出差，主人公在日本只剩下一个人，所以在叔叔家住了一年。 在他转学的八上神高中，有一个美妙的都市传说，“雨夜的12点，在没有开的电视上看到自己的脸时，会出现另一个人的形象”。 主角和同伴在自己尝试的时候被拉到了不同的空间，他们立刻发现深夜电视与镇上的连环杀戮有很大关系，他们被一个叫做影子的怪物袭击 在那里搜索期间。 主角一行人通过接触怪物唤醒了女神异闻录的能力。 他们以为警方不会相信这种离奇的事情，决定自己解决连环杀人案。
