故事从主人公漩涡鸣人的孤儿生活开始，他的父母为了保护村子，将攻击村子九尾妖狐封印到了他体内，鸣人因此受尽了村人的冷落，只是拼命用各种恶作剧试图吸引大家的注意力。好在还是有依鲁卡老师的关心，鸣人的性格才没有变得扭曲，他总是干劲十足、非常乐观。 为了让更多的人认可自己，鸣人的目标是成为火影。整个故事就围绕鸣人的奋斗、成长，鸣人的同伴们的故事，以及这个忍者世界的各种争斗和阴谋展开。
由于人类对自然的破坏，叶罗丽仙境的冰公主已经开始消失了……冰公主来到人类世界，决心更正历史的过错。另一边，辛灵仙子能复活吗？还会有更多的生灵逝去吗？庞尊和毒娘娘会罢休吗？其他灵犀阁的圣级仙子会袖手旁观吗？荒石和金王子会加入战斗吗？王默和火领主又会发生什么？大家的命运将会如何？
