故事从主人公漩涡鸣人的孤儿生活开始，他的父母为了保护村子，将攻击村子九尾妖狐封印到了他体内，鸣人因此受尽了村人的冷落，只是拼命用各种恶作剧试图吸引大家的注意力。好在还是有依鲁卡老师的关心，鸣人的性格才没有变得扭曲，他总是干劲十足、非常乐观。 为了让更多的人认可自己，鸣人的目标是成为火影。整个故事就围绕鸣人的奋斗、成长，鸣人的同伴们的故事，以及这个忍者世界的各种争斗和阴谋展开。
这是一个人类与魔族共存的世界，但是世界的支配权还是掌握在人类的受众。一天，魔王抓走并囚禁了人类公主栖夜莉丝（水濑祈 配音），并且向人类发出了勒索信，要求人类用世界的支配权来换回公主的自由。为了拯救公主，勇者拂晓（下野纮 配音）踏上了充满了危机的旅途。 然而，被囚禁的日子实在是太过于无聊了，古灵精怪又闲不住的栖夜莉丝决定在魔王城里找点乐子。无论是恶魔教会的法师雷欧纳多（石川界人 配音）还是世代侍奉魔王的忠犬哈士奇（小林亲弘 配音），甚至连威风凛凛的魔王（松冈祯丞 配音）本人，都被公主的恶作剧给耍得团团转。
