故事从主人公漩涡鸣人的孤儿生活开始，他的父母为了保护村子，将攻击村子九尾妖狐封印到了他体内，鸣人因此受尽了村人的冷落，只是拼命用各种恶作剧试图吸引大家的注意力。好在还是有依鲁卡老师的关心，鸣人的性格才没有变得扭曲，他总是干劲十足、非常乐观。 为了让更多的人认可自己，鸣人的目标是成为火影。整个故事就围绕鸣人的奋斗、成长，鸣人的同伴们的故事，以及这个忍者世界的各种争斗和阴谋展开。
纪元背景设置为世界变动率为“1.048596%”的2019年。在机器人被广泛应用的未来，种子岛中央高校 “机器人研究部”面临着被淘汰的危机，而即使在这种情况下，八汐海翔依然对“机器人研究部”感兴趣，依然热衷于机器人格斗游戏。另一个是废材部长瀬乃宮秋穂，为了避免报废，正在争取“完成巨型机器人”。然而，有一天，海翔发现了一个A.R.笔记的副本，名为“君岛报告”。在这个笔记里，有一个很大的阴谋，就是某个叫君岛安科的人会把全世界都牵扯进来。
