故事从主人公漩涡鸣人的孤儿生活开始，他的父母为了保护村子，将攻击村子九尾妖狐封印到了他体内，鸣人因此受尽了村人的冷落，只是拼命用各种恶作剧试图吸引大家的注意力。好在还是有依鲁卡老师的关心，鸣人的性格才没有变得扭曲，他总是干劲十足、非常乐观。 为了让更多的人认可自己，鸣人的目标是成为火影。整个故事就围绕鸣人的奋斗、成长，鸣人的同伴们的故事，以及这个忍者世界的各种争斗和阴谋展开。
小学生木之本樱（丹下樱 配音）是一个平凡的女孩，有一个温柔的爸爸木之本藤隆（田中秀幸 配音）和一个体贴的好友大道寺知世（岩男润子 配音）。一天，在父亲的书房中她发现了一本尘封已久的魔法书，并无意间解除了书上的封印，一只会说话的玩偶可鲁贝洛斯（久川绫 配音）出现在了她的面前。小可告诉她，自己是守护这本书的神兽，书中封印着名叫库洛牌的东西。现在，封印解除了，它要小樱成为库洛魔法师，它将协助她收复这些四处捣乱的库洛牌。隔天，小樱的班上转来了一个名叫李小狼（熊井素子 配音）的转学生，这个外表酷酷的男孩原来也是冲着库洛牌而来。 随着库洛牌的封印，越来越多的角色出现在了小樱的身边，而他们的真正目的，却还不得而知。
