故事从主人公漩涡鸣人的孤儿生活开始，他的父母为了保护村子，将攻击村子九尾妖狐封印到了他体内，鸣人因此受尽了村人的冷落，只是拼命用各种恶作剧试图吸引大家的注意力。好在还是有依鲁卡老师的关心，鸣人的性格才没有变得扭曲，他总是干劲十足、非常乐观。 为了让更多的人认可自己，鸣人的目标是成为火影。整个故事就围绕鸣人的奋斗、成长，鸣人的同伴们的故事，以及这个忍者世界的各种争斗和阴谋展开。
全てを錆びつかせる≪錆び風≫が吹き荒れる日本。 人々は街や生命を蝕む錆に怯えながら暮らしていた。 忌み嫌われる≪キノコ守り≫の一族の少年・赤星ビスコは、瀕死の師匠を救うため、 全ての錆を浄化する霊薬キノコ≪錆喰い≫を求めて旅をしていた。 旅の途中、忌浜（いみはま）で出会った美貌の少年医師・猫柳ミロもまた、大切な姉を蝕む錆の対処法を探していた。 愛する者を救うべく、ふたりの少年が手を取る時、新たな冒険が始まる。
