故事从主人公漩涡鸣人的孤儿生活开始，他的父母为了保护村子，将攻击村子九尾妖狐封印到了他体内，鸣人因此受尽了村人的冷落，只是拼命用各种恶作剧试图吸引大家的注意力。好在还是有依鲁卡老师的关心，鸣人的性格才没有变得扭曲，他总是干劲十足、非常乐观。 为了让更多的人认可自己，鸣人的目标是成为火影。整个故事就围绕鸣人的奋斗、成长，鸣人的同伴们的故事，以及这个忍者世界的各种争斗和阴谋展开。
202X年，名为「兰道夫症候群（ランドルフ症候群）」的症状感染扩散至全世界，受到感染的人将陷入昏睡无法苏醒。同时，在南极发现了充满异形与未知资源的巨大地下世界「阿萨伊拉姆（アサイラム）」。人类为了解开「兰道夫症候群」的原因、获得异形的DNA情报以及丰富的地下资源，人们纷纷前往深渊之中。
爱做梦的高中生三平太，每天都想着10年前与他订下婚约的美少女。某天，在他的面前出现了一位并非美少女的人型机器人可美克，并且逼他结婚……！‘从今天开始，我就是你的新娘。’还有陆续朝着三平太袭击过来的敌人、可爱的青梅竹马，以及无责任感的同班同学。到底可美克是敌人、自己人还是新娘呢？三平太的充实生活即将揭开序幕！
