故事从主人公漩涡鸣人的孤儿生活开始，他的父母为了保护村子，将攻击村子九尾妖狐封印到了他体内，鸣人因此受尽了村人的冷落，只是拼命用各种恶作剧试图吸引大家的注意力。好在还是有依鲁卡老师的关心，鸣人的性格才没有变得扭曲，他总是干劲十足、非常乐观。 为了让更多的人认可自己，鸣人的目标是成为火影。整个故事就围绕鸣人的奋斗、成长，鸣人的同伴们的故事，以及这个忍者世界的各种争斗和阴谋展开。
全人类因谜般的现象而在一瞬间石化，之后过了数千年——。 拥有超越人类的头脑，天生的科学少年·千空苏醒了。 “从石器时代到现代文明，要跨越这科学史上的200万年！”。 在这走投无路的状况中，千空寻找着伙伴，决心取回原先的世界！
从小，安琪莉可（远藤绫 配音）的梦想就是能够成为一名医生，给需要帮助的患者带来健康和希望，即便是父母被魔兽袭击身亡也没能够改变安琪莉可坚定的决心。一次偶然中，在医院工作的安琪莉可发现自己拥有能够净化魔物的神奇能力，在周遭同伴的鼓励和支持下，她毅然决然的加入了名为Aube Hunte的组织，踏上了一条充满了危险和争斗的道路。 在净化魔物的旅途中，安琪莉可结识了直率坦诚的雷因（高桥广树 配音），稳重可靠的尼克斯（大川透 配音），温柔善良的杰德（小野坂昌也 配音），忠心耿耿的修迦（小野大辅 配音）等人，在他们的帮助和保护下，安琪莉可逐渐成长成为了可以完全消灭魔物的女王。
