故事从主人公漩涡鸣人的孤儿生活开始，他的父母为了保护村子，将攻击村子九尾妖狐封印到了他体内，鸣人因此受尽了村人的冷落，只是拼命用各种恶作剧试图吸引大家的注意力。好在还是有依鲁卡老师的关心，鸣人的性格才没有变得扭曲，他总是干劲十足、非常乐观。 为了让更多的人认可自己，鸣人的目标是成为火影。整个故事就围绕鸣人的奋斗、成长，鸣人的同伴们的故事，以及这个忍者世界的各种争斗和阴谋展开。
只有清纯少女的特权——精灵契约。贵族小姐聚集的阿蕾莎精灵学院，从事着作为精神使者应该接受的训练和精英教育。十几岁的风早神人是世界上第二个可以和精灵交流的男性。他被格雷瓦斯召唤到精灵学校。在去学校的路上，他遇到了正在洗澡的大学生克莱尔。结果他被要求改为和小精灵签约。就这样，风早神人成了一个不可能存在于这个世界上的男巫师。
