故事从主人公漩涡鸣人的孤儿生活开始，他的父母为了保护村子，将攻击村子九尾妖狐封印到了他体内，鸣人因此受尽了村人的冷落，只是拼命用各种恶作剧试图吸引大家的注意力。好在还是有依鲁卡老师的关心，鸣人的性格才没有变得扭曲，他总是干劲十足、非常乐观。 为了让更多的人认可自己，鸣人的目标是成为火影。整个故事就围绕鸣人的奋斗、成长，鸣人的同伴们的故事，以及这个忍者世界的各种争斗和阴谋展开。
居住在意大利那不勒斯的青年乔鲁诺·乔巴拿，是继承了乔斯达家宿敌·DIO之血脉的儿子。 幼年时遭受迫害而自暴自弃的他，由于拯救了一名黑帮男子，而学到了“相信他人”。不忘恩义、带着敬意对待自己的黑帮，让他的心变得率直。就这样，乔鲁诺开始对“黑帮明星”怀有憧憬。 15岁的乔鲁诺，与统领意大利黑社会的黑帮组织“热情”一同引发事端，并成为被盯上的目标……
在埃及与宿敌DIO的死斗之后过了11年。1999年，空条承太郎为了与祖父乔瑟夫·乔斯达的私生子东方仗助见面，而来到了日本M县S市杜王町。但，仗助却持有与承太郎相同的特殊能力“替身”。之后，以承太郎的来访为开端，仿佛被吸引一般，新的“替身使”们开始行动。“这座城镇存在着什么……”为了守护养育了自己的杜王町，仗助挺身而出——。
故事发生在名为青鞜三之宫学院的学校里，这是一所校风非常严谨的学校，崇尚男卑女尊的风气，在学校里，所有的苦活累活都是男生做的，女生天生就站在食物链的顶端。不仅如此，学校里亦拒绝聘用男教师。 天和响（岸祐二 配音）是刚刚从大学毕业的热血青年，鼓足了劲想要在教育界大展拳脚。为了付清房租，天和响必须在三之宫学院找到一份工作，在房东老太太的建议之下，他决定男扮女装，潜入学校之中。最终，天和响顺利的得到了体育老师的工作，但这只是一切的开始，等待着他的，除了无尽的问题和挑战外，还有对他虎视眈眈的校长。
