故事从主人公漩涡鸣人的孤儿生活开始，他的父母为了保护村子，将攻击村子九尾妖狐封印到了他体内，鸣人因此受尽了村人的冷落，只是拼命用各种恶作剧试图吸引大家的注意力。好在还是有依鲁卡老师的关心，鸣人的性格才没有变得扭曲，他总是干劲十足、非常乐观。 为了让更多的人认可自己，鸣人的目标是成为火影。整个故事就围绕鸣人的奋斗、成长，鸣人的同伴们的故事，以及这个忍者世界的各种争斗和阴谋展开。
主角是一个有预知和感应能力的少女麻衣。所在高中的旧校舍受诅咒案件中，协助了SPR涉谷心灵现象调查事务所的所长涉谷一也（化名）。并在案子结束后，留下做了助手。而SPR最特别的地方，就是不仅用超能力来解决事情，同时也从科学的角度去探讨挖掘。 最初工作上的那些竞争对手在之后联手解决事件的过程中冰释前嫌，同伴中既有冷酷英俊、头脑聪明的自恋狂那鲁、谜样的守护者香港人小林、陆陆续续加入的高野山的和尚、一直没有展现能力的女巫、灵媒美少女以及年轻的外国神父，大家都在不同的案件里发挥所长尽一份力。 “只要是超自然现象那便是全体灵媒共同的事业！” 不再把那些奇怪的事都推托说是恶灵作祟，SPR不仅用超能力来解决事件，同时也从科学的角度去探讨挖掘，认真的以科学方式来解答。“在这种场合下发生这个情况是属于自然现象。”
