故事从主人公漩涡鸣人的孤儿生活开始，他的父母为了保护村子，将攻击村子九尾妖狐封印到了他体内，鸣人因此受尽了村人的冷落，只是拼命用各种恶作剧试图吸引大家的注意力。好在还是有依鲁卡老师的关心，鸣人的性格才没有变得扭曲，他总是干劲十足、非常乐观。 为了让更多的人认可自己，鸣人的目标是成为火影。整个故事就围绕鸣人的奋斗、成长，鸣人的同伴们的故事，以及这个忍者世界的各种争斗和阴谋展开。
“祇园精舍钟声响，世间诸行总无常。沙罗双树花说法，盛极必衰是沧桑。” 平安末期。眼看平家一族将在权力、武力、财力等各方面极尽荣华。拥有看见亡者之眼的男人·平重盛，遇见了拥有看见未来之眼的少女·琵琶。少女预言道：“你们不久便要灭亡。” 由贵族社会转为武家社会——日本实现历史性变化的、动荡的15年拉开了序幕。
一位名为才贺胜的小学5年级学生，在父亲因事故去世后继承了庞大的遗产，生命也因此受到了威胁。就在此时，一位名为加藤鸣海的青年偶然与胜相遇，并决定向他伸出援手。 然而，追杀胜的并非人类，而是具备高超战斗能力的傀儡使们。就在两人陷入绝境的时候，一位操纵着悬丝傀儡的银发少女·白银突然出现，拯救了他们。 就这样，在日本相识的这三人开始被卷入多舛的命运齿轮当中——
她从未如此了解“外面的世界”。第一次接触到的事物，第一次见到的风景，还有第一次遇到的人们……。对于如此广阔的“世界”，她感到困惑、惊讶，不由地睁大了双眼。 她的名字是纱名，是在被称为“研究所”的设施中，对“外面的世界”一无所知地长大的少女。同时，也是拥有能够将一切想象具现化——这种被称为“爱丽丝的梦”的特殊能力的人。 后来，在初次来到“外面”的时候，她遇到了一位老人。他的名字是㭴村藏六，是个“最讨厌不合道理的事”，认为“不好的事情就是不好”的顽固老爷爷。与藏六的相遇，大大改变了纱名的命运。 追寻着纱名的神秘组织，不断出现的能力者们，以及与善良的人们的相遇……。不谙世事的“爱丽丝”，终于穿过镜之门（Looking Glass），开始了解世界真正的样子。 ——没错，这是我还能自由前往梦之国时的故事。
