故事从主人公漩涡鸣人的孤儿生活开始，他的父母为了保护村子，将攻击村子九尾妖狐封印到了他体内，鸣人因此受尽了村人的冷落，只是拼命用各种恶作剧试图吸引大家的注意力。好在还是有依鲁卡老师的关心，鸣人的性格才没有变得扭曲，他总是干劲十足、非常乐观。 为了让更多的人认可自己，鸣人的目标是成为火影。整个故事就围绕鸣人的奋斗、成长，鸣人的同伴们的故事，以及这个忍者世界的各种争斗和阴谋展开。
拥有卓越按摩技术的主人公·小手指向阳。立志成为运动医生的小手指，为了获得医学部特待生资格，从今年春天开始就读于体育强校·星和大附属高中。由于家境贫寒，小手指为了赚取学费，决定住在宿舍并工作。然而，在那里他遇到的是一群个性十足的 JK 运动员。小手指的工作是管理宿舍和照顾她们的身心健康。社团活动 JK×按摩！H 又激烈的宿舍生活就此拉开帷！
