故事从主人公漩涡鸣人的孤儿生活开始，他的父母为了保护村子，将攻击村子九尾妖狐封印到了他体内，鸣人因此受尽了村人的冷落，只是拼命用各种恶作剧试图吸引大家的注意力。好在还是有依鲁卡老师的关心，鸣人的性格才没有变得扭曲，他总是干劲十足、非常乐观。 为了让更多的人认可自己，鸣人的目标是成为火影。整个故事就围绕鸣人的奋斗、成长，鸣人的同伴们的故事，以及这个忍者世界的各种争斗和阴谋展开。
在近真实的世界里，有一个看似普通的黑衣女孩麻陶，她将在新的一年开始她多彩的中学生活。这时，一位名叫小鸟游优美的同学引起了她的注意。一开始对方不想深交，后来因为彩虹鸟的话题，麻陶看到了塔卡纳西委屈的一面...
在一个陌生的世界里，一群人像眼泪一样生活在蓝天下，每天像士兵一样在明争暗斗，仿佛在为别人承受着苦恼和混乱的思绪…
