中世纪的中国和日本，被各个国家分而治之。天空中，由八艘船组成的城船武藏正在航行……在遥远的未来。经历了“合、合、乱”的国家，实行了与人类命运相关的“圣谱”作为原始历史的再现。然后就是各种各样的人，把迷茫和决心藏在胸口，锐意进取，开拓未来。以重叠的中世纪世界为舞台，学园里的各国学生斗争正式上演！
本剧以镰池和马所著的轻小说《魔法禁书目录》中的人气角色御坂美琴为主角的外传漫画《科学超电磁炮》改编。 故事发生在面积占据东京都西部的三分之一，居住着230万名人口，其中八成人口是学生的巨大都市“学园都市”。学园都市和外部隔离，研究最尖端科技。所有学生都接受超能力开发，并大都借由药物、催眠术与通电刺激等方式取得超能力。有各种类型不同能力，以范围和威力分为无能力者（Level 0）、低能力者（Level 1）、异能力者（Level 2）、强能力者（Level 3）、大能力者（Level 4）和超能力者（Level5）。故事从学园都市最强的电击公主“超电磁炮”御坂美琴，某天认识了和黑子一样担任风纪委员的初春饰利开始......
故事的主角是丹羽真，一个将“青春点数”分配给自己的行为和相关事项，时而高兴时而悲伤，将被子卷在身上的少年，自称外星人的“电波女”（却是美少女）的藤和艾莉欧（藤和エリオ）。作品以这两个人为中心，展开了一个有些诡异却令人耳目一新的青春故事。
