故事从主人公漩涡鸣人的孤儿生活开始，他的父母为了保护村子，将攻击村子九尾妖狐封印到了他体内，鸣人因此受尽了村人的冷落，只是拼命用各种恶作剧试图吸引大家的注意力。好在还是有依鲁卡老师的关心，鸣人的性格才没有变得扭曲，他总是干劲十足、非常乐观。 为了让更多的人认可自己，鸣人的目标是成为火影。整个故事就围绕鸣人的奋斗、成长，鸣人的同伴们的故事，以及这个忍者世界的各种争斗和阴谋展开。
伪物语是伪物的物语(伪即不真实，不成熟，虚伪的)。历和女友战场原是伪物；历的两个妹妹火怜和月火是伪物；欺诈师贝木等也是伪物。而相对的，羽川是个非常强大的真物。伪物语中的怪异都与历的妹妹扯上了关系，引发了一系列的事件。
柚月家的四兄弟两年前失去了父母。 家里的中流砥柱，苦苦挣扎的男人隼人的长子，很酷，有一面叫“佛”，而爱凑，容忍一切“可爱”的布拉肯的二儿子，精力充沛、兄弟情溢但往往四处闲逛笨拙的三儿子凑，以及学斗的第四个儿子，一个一年级的小学生，被称为“千人”，在家里和学校都像主人一样观看， 它描绘了附近展开的日常生活。
主角高町奈叶是一名普通的小学三年级女生。在去补习班的路上，她和朋友们发现了来自不同世界米德其路达（翻译米德芝尔达）的雪貂尤诺·斯克莱亚。他用心灵感应告诉奈叶，他来到这个世界的原因是为了回收他挖掘的太古遗产（平行维度中高度文明的遗产）“宝石种子”。奈叶决定取代尤诺出面回收，以保护可能因宝石种子而被破坏的城镇。没想到，这只是一系列事件的开始。他们相遇的目的和他们一样，因为回收宝石种子而出现的神秘金发女巫导师是...
