故事从主人公漩涡鸣人的孤儿生活开始，他的父母为了保护村子，将攻击村子九尾妖狐封印到了他体内，鸣人因此受尽了村人的冷落，只是拼命用各种恶作剧试图吸引大家的注意力。好在还是有依鲁卡老师的关心，鸣人的性格才没有变得扭曲，他总是干劲十足、非常乐观。 为了让更多的人认可自己，鸣人的目标是成为火影。整个故事就围绕鸣人的奋斗、成长，鸣人的同伴们的故事，以及这个忍者世界的各种争斗和阴谋展开。
东京，池袋。 向往都市生活的少年龙之峰帝人接受从小一起玩到大的好友纪田正臣邀约离开家乡来到东京进入池袋来良学园上学。 而在池袋有几个绝对不能招惹的人物，尤其是被誉为“最强”的平和岛静雄和经营情报屋的折原临也这两个人。另外，池袋有一个正体不明的暴力组织，名叫“Dollars”。 然而，就在上京的第一天，因为对池袋复杂的关系而感到不安的帝人就亲眼目睹了骑着黑色摩托在街头穿行的都市传说“无头骑士”——塞尔提·史特路尔森。 于是，随着池袋接连发生了砍人魔事件，平和岛静雄、折原临也、Dollars、无头骑士、砍人魔、黄巾贼等陆续浮出水面，围绕着“谁是池袋最强”的话题，池袋正面临着崩坏中，一连串不正常但爽直的故事开始了。
故事的舞台是离今稍微远点的未来。 世界上正流行这一种感染后在60天之内就会石化，死亡率高达100%的奇病“美杜莎”。为了在未来寻求这种在全世界爆发的不治之症的治疗方法，于是决定将Cold sleep（冷冻睡眠，简称CS，是指将人体保存在低温状态让人保持沉睡的状态，防止人的身体随着时间老化的一种方法。多见于SF作品之中。）投入实用了。少女霞从众多的人中脱颖而出成为了世界上仅有的160个拥有CS资格的人。他们在苏格兰的古城中制造出来的Cold sleep capsule center（冷冻睡眠胶囊中心，简称CSCC，如字面上的意思进行冷冻睡眠的地方。）中进入了不知道何时才会醒来的长眠。霞想着肯定再也无法与和自己同样感染了“美杜莎”却没有被选上的双胞胎姐姐见面了，眼泪不禁的流落了下来。 但是寻求未来的长眠却被突然中断了。出现在觉醒后的霞面前的是已经面目全非的冷冻胶囊中心。宛如童话《睡美人》中的城堡一样，整个中心都被蔷薇覆盖着。但是现状却不那么美好，异形的怪物们袭击了过来，资格者们不断的死去。为什么会有怪物？那之后究竟过了多少年？几十年？几百年？外界的情况又怎么样了呢？美杜莎的治疗方法呢？在所有情报都被遮断的极限状况下，为了生存下去霞等7个资格者开始逃离中心了。
全人类为之恐惧——。 没有任何异常的人类突然燃烧，化作操纵火焰的怪物“焰人”，并极尽破坏之能事的“人体自燃现象”。面对火焰的恐怖挺身而出的特殊消防队，肩负解开这一现象的谜团，并拯救人类的使命！由于某种理由而被人叫做“恶魔”的新队员少年·森罗，以“英雄”为目标，和同伴们一起，每天投身于与“焰人”的战斗当中！！
