故事从主人公漩涡鸣人的孤儿生活开始，他的父母为了保护村子，将攻击村子九尾妖狐封印到了他体内，鸣人因此受尽了村人的冷落，只是拼命用各种恶作剧试图吸引大家的注意力。好在还是有依鲁卡老师的关心，鸣人的性格才没有变得扭曲，他总是干劲十足、非常乐观。 为了让更多的人认可自己，鸣人的目标是成为火影。整个故事就围绕鸣人的奋斗、成长，鸣人的同伴们的故事，以及这个忍者世界的各种争斗和阴谋展开。
一个出门不带脑子、智商时常不在服务区的未成年笨蛋女孩，遇上了一个思维能力爆表，有材料就能制造原子弹的冷面技术宅。 本身不可能在同一个世界的两人，一个为了摆脱智障的帽子，一个为了不去自己不喜欢的地方居住，破天荒地组合在了一起。为了在高考证明自己而求师的米栗，为了赶走她自己享受清静而各种套路的百曳，两人在各种争执中反而向另一种方向发展开来！
不明白与人恋爱的心情，为此感到烦恼的小糸侑，在初中毕业时被要好的男生告白，却无法给予回应。她在此时邂逅的学生会成员七海灯子，不论被谁告白，都无法喜欢上对方。与灯子感到共鸣的侑，将自己的烦恼坦诚相告，却反而从灯子那里听到了意想不到的话语——“我好像会喜欢上你。”
