故事从主人公漩涡鸣人的孤儿生活开始，他的父母为了保护村子，将攻击村子九尾妖狐封印到了他体内，鸣人因此受尽了村人的冷落，只是拼命用各种恶作剧试图吸引大家的注意力。好在还是有依鲁卡老师的关心，鸣人的性格才没有变得扭曲，他总是干劲十足、非常乐观。 为了让更多的人认可自己，鸣人的目标是成为火影。整个故事就围绕鸣人的奋斗、成长，鸣人的同伴们的故事，以及这个忍者世界的各种争斗和阴谋展开。
从去世的祖父身上继承了不可思议力量的律，某次梦见了童年的往事。在梦中，为了躲避妖魔的觊觎，年幼的律被迫打扮成女孩子的模样，却仍差点遭到一名少女幽灵的袭击。就在不久后的某一天，律亲眼目睹那名幽灵混在母亲茶道教室的学生群中，潜入了家中。正当律试图查明对方的真面目时，却在名为「遮眼鬼」的游戏中，被夺走了左眼！？
