故事从主人公漩涡鸣人的孤儿生活开始，他的父母为了保护村子，将攻击村子九尾妖狐封印到了他体内，鸣人因此受尽了村人的冷落，只是拼命用各种恶作剧试图吸引大家的注意力。好在还是有依鲁卡老师的关心，鸣人的性格才没有变得扭曲，他总是干劲十足、非常乐观。 为了让更多的人认可自己，鸣人的目标是成为火影。整个故事就围绕鸣人的奋斗、成长，鸣人的同伴们的故事，以及这个忍者世界的各种争斗和阴谋展开。
2021年，人类输掉了与病毒寄生虫“原生动物”的战争，被驱逐到一个狭小的领地，在恐惧和绝望中过着不光彩的生活。
至此，十年后的今天，人类已经能够在能够控制原生动物病毒的女孩的“被诅咒之子”的力量下，找到对抗怪物的最后希望。然而，过去的伤痛让他们之间产生了不可逾越的代沟。看似平静的人类社会正在悄然变质，暗流越来越汹涌。
居住在东京的高中生里见莲太郎是专门研究肠道动物抗原的“警察”之一。他和伙伴兰苑燕竹从事了许多危险的工作，有一天他接到了政府的特别命令。内容实际上是一个高度机密的任务，以避免东京的毁灭...
