当两个日常生活相交时，一个新的非凡世界诞生了——东京麻泽台高中。放学后的教室里，响裕太在笔记本上反复画画擦网格人。曾经这个世界被一个年轻女孩创造和摧毁。女孩被超级特工网格人、来自异次元的怪物、她创造的有一颗心的怪物和裕太所救。他们在和平世界中的日常生活开始在咆哮声中崩溃。
加岛龙斗和好友玩惩罚游戏输掉后，在认为自己不会成功的想法下，向倾慕的对象白河月爱表白。但月爱意外地接受了表白，且当天就将龙斗带到自己的房间，准备进行性行为，在龙斗的劝说下，月爱决定等到打从心底喜欢龙斗时再做。
作品以爱情来临前的孤独——“孤独与悲伤”，呈现“爱情”的主题。 雨季时，立志成为鞋匠的高中生高雄和神秘女子由香里在多雨的日本庭园相遇。 以女人留给男孩的许多树叶为契机，故事开始了……
柯南在街头目睹一名正打电话的警察在雨中被射杀，忙将凶手追踪，但凶手逃脱。死者闭眼一刻紧抓左胸，似乎有所暗示。事后柯南从目暮警官口中了解到紧抓左胸是暗示那里有警察手册。不久又有警察手拿警察手册被人射杀于地下车库。对于这两起案件，目暮警官等人一反常态不愿向毛利小五郎及柯南透露太多信息。毛利不甘心进一步追问，白鸟警官只答一句“Need not to know”。该话是警察之间所用的密语，意味这两起杀人事件与警察内部人士有关。 柯南、小兰等人参加白鸟妹妹的婚宴，电突然间停掉，那刻小兰正与女警佐藤在洗手间。小兰拿起身边的手电筒欲照明时，一颗子弹射进佐藤身体，小兰吓昏过去。次日小兰醒来，却因怪责自己害佐藤挨枪失去记忆。目暮见事态越来越严重，将秘密说出，原来死去的两名警察正与佐藤一起重查一桩有关医生仁野自杀的案件，该案涉及到警察局长的公子。将局长公子假定为嫌疑人之...
